331-й гвардейский парашютно-десантный ударный полк был сформирован 27 декабря 1944 года на станции Марьина Горка Минской области
Для его создания были объединены 7, 11, 14, 17 гвардейские воздушно-десантные бригады и 12-я гвардейская воздушно-десантная дивизия. После формирования полк стал частью 105-й гвардейской стрелковой дивизии.
25 июля 1946 года полк переформировался из стрелкового в парашютно-десантный. Во время своего существования он входил в состав 105-й гвардейской воздушно-десантной Венской Краснознаменной дивизии, базирующейся в Костроме. В 1960 году полк стал частью 106-й гвардейской воздушно-десантной дивизии, также размещавшейся в Костроме.
В 1969 году полк осуществил десантирование на остров Новая Земля. В 1993 году вошел в состав 98-й гвардейской воздушно-десантной Свирской Краснознаменной ордена Кутузова 2-й степени дивизии.
В 1995 году сводная рота полка выполняла миротворческие задачи в составе сил ООН в Югославии. В мае-июне 1999 года на базе 2-го парашютно-десантного батальона 331-го гвардейского полка был сформирован сводный 14-й отдельный парашютно-десантный батальон, который был направлен в Косово для участия в миротворческих операциях.
С 17 сентября 1999 года по 21 марта 2000 года полковая тактическая группа, сформированная на базе полка, принимала участие в боевых действиях во второй чеченской войне на Северном Кавказе.
В марте 2000 года 217 десантников 331-го гвардейского полка 98-й гвардейской воздушно-десантной дивизии были награждены за мужество и героизм, проявленные в борьбе с бандформированиями с 17 сентября 1999 года по 21 марта 2000 года. Награды были вручены «голубым беретам» лично Владимиром Путиным, исполняющим обязанности Президента РФ, который специально прибыл в Чечню для этого мероприятия.
День гвардейского парашютно-десантного полка отмечается 27 декабря в честь дня его формирования.